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21世纪是中华民族实现全面复兴的伟大时代，是全面重新认识中医药的时代，面对新的挑战和机遇，临床所确立了医学创新、人才创新、文化创新的战略发展目标。在所班子的集体领导下，坚持“以我为主、我主人随”的思想理念，通过几代临床人同心同德、开拓创新、中医临床基础医学研究所官网与时俱进的不断努力，我们有能力实现自己的宏伟目标，我们有能力为祖国的传统医学科学事业做出更大贡献！
同时，设有中医学和中西医结合的博士、硕士培养点和博士后流动站。
所长办公室负责所里行政管理、人事财务、资产管理、安全保卫等工作，科教处负责科研课题管理、中医临床基础医学研究所▲研究生教育和医疗管理工作。
主要工作内容包括：从事中医药临床基础技术标准研究，中医诊疗规范研究，中医临床评价研究，中医临床药理研究，中药疗效评价研究，中医预防康复医学基础研究，中医药临床医学基础研究，中医药临床医学研究及相关咨询，博士后培养等相关学术交流与培训。现为国家中医药管理局中医药标准化工作办公室__单位/ISOTC249国内对口单位，并承担国家中医药管理局2009年中医药行业专项办公室工作。
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中国中医科学院中医临床基础医学研究所（简称临床所）成立于2006年7月，是在国家科技体制改革的总体要求和部署下，由科技部、财政部、中央编办批准的中国中医科学院下属的社会公益类科研事业单位。首任所长为王永炎院士，吕爱平教授为常务副所长。
