基础医学院位于中山大学北校区，其前身是中山医科大学基础医学院；该学院是1998年3月由基础学院，法医学系，科技开发部合并而成的；中山医科大学基础学院是由1986年之前的中山医学院基础部更名而来中山医学院基础部曾有过辉煌的一页，由多位国内外著名学者如陈心陶，梁伯强，秦光煜，罗潜以及叶鹿鸣，白施恩等教授创立发展起来的寄生虫学，病理学，药理学，微生物学，人体解剖学等学科，在国内具有举足轻重的地位，研究水平处于国内领先地位1957年先后两次受到毛主席的接见生物医学工程系，检验医学系，包括21个教研室，11个中心（分子医学研究中心，计算机中心，教学实验中心，外语教研培训中心，法医鉴定中心，临床病理检测中心，病原生物学检测中心，心脑血管研究中心，神经科学研究中心，继续教育中心，科技开发中心），2个研究所(中西医结合研究所，法医学研究所，还拟建立热带医学研究所)，2个实验室（干细胞与组织工程研究实验室和蛋白质组学实验室）3个省级重点学科（药理学，病原生物学，法医学），1个博士后流动站，14个博士点，17个硕士点，2个一级学科博士点（基础医学和生物医学工程）。
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