恩施州卫生局内设8个职能科室：办公室、人事科、医政科（州干部保健办公室）、疾病控制科（州委、州政府地方病防治领导小组办公室、州爱国卫生运动委员会）、州卫生应急办公室、基层卫生与妇幼保健科、卫生法制监督科、恩施卫生，http://www.esws.gov.cn，中医科。
（十八）承担州爱国卫生运动委员会、州政府防治艾滋病工作委员会的具体工作。
（十六）贯彻中西医并重方针，实施促进中医药发展的政策和中医药中长期发展规划，推进中医药及民族医药的继承与创新。
（十四）组织拟定全州卫生人才发展规划，指导全州卫生人才队伍建设工作。
（十二）指导规范卫生行政执法工作，按照职责分工负责全州职业卫生、放射卫生、环境卫生和学校卫生工作，负责公共场所和饮用水的卫生安全监督管理，负责传染病防治监督。
（九）依法监督管理血站、单采血浆机构的采供血及临床用血质量，协调全州无偿献血工作。（十）组织制定并实施全州农村卫生发展规划和政策措施，恩施卫生负责全州新型农村合作医疗的综合管理。
（七）负责管理全州医疗救护工作，组织调度全州卫生专业技术力量，会同各级人民政府和有关部门对重大突发疫情、病情实施紧急处置。
（五）贯彻预防为主方针，开展全民健康教育；制定全州疾病控制防治规划和措施，并组织实施；负责传染病、地方病和其他常见病、多发病的防治工作。
（三）承担食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的责任，组织制定地方性食品安全标准，负责食品及相关产品的安全风险评估、预警工作，统一发布全州重大食品安全信息。牵头建立食品安全综合协调机制，负责食品安全综合监管。
（一）推进医药卫生体制改革。贯彻党和国家关于卫生方面的法律、法规和方针、政策，组织实施国家卫生标准和技术规范，研究拟订规范性文件、卫生标准和技术规范；制定全州卫生事业发展规划和战略目标并组织实施。
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