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“科学、民主、创新、超越”是黄科院的精神，面向黄河治理开发与经济建设是黄科院的宗旨。我们愿竭诚与国内外有关科研院所、高等院校及规划设计、建设与管理单位密切合作，在水利水电、黄河水利科学研究院，http://www.yrihr.com.cn，交通、农业、石化、生态及其他领域提供优质的服务，共同促进水利科技的进步和发展。
党和__人非常重视治黄科研工作，1991年和1999年__中央总__江泽民曾两次视察黄科院，并欣然题词：“依靠群众，应用科技，治理黄河，造福人民”。__、李克强、回良玉、黄河水利科学研究院田纪云、姜春云等党和__人也曾先后亲临视察黄科院。
黄科院现具有水利部颁发的《水文、水资源调查评价资质证书》（甲级）、《水土保持方案编制资格证书》（甲级）、《水土保持监测资格证书》（甲级）、《建设项目水资源论证资质证书》（甲级）、水土保持设施验收技术评估单位、大中型水库大坝安全评价单位、大中型水闸安全评价单位、水利水电建设工程蓄水安全鉴定单位、水利工程质量检测单位资质（甲级）、国家认证认可监督管理委员会颁发的《计量认证合格证书》等。
同时黄科院设有人力资源和社会保障部和全国博士后管委会共同授予的“黄河水利委员会黄河水利科学研究院博士后科研工作站”和国家研究生教育创新计划“黄河研究生培养基地”。
2010年机构升格和黄委科研机构整合后，黄科院机关内设机构有7个：办公室、科研管理处、科技推广处、计划财务处、人事劳动处、党群工作处、监察审计处。单列机构有2个：黄河水利委员会黄河超级计算中心、黄河小浪底研究中心。所属机构有10个：泥沙研究所、水土保持研究所、工程力学研究所、防汛抢险技术研究所、水资源研究所、黄河水利科学研究院，http://www.yrihr.com.cn，水力学研究所、江河治理试验中心、引黄灌溉工程技术研究中心、信息工程中心、后勤服务管理中心；共管机构有6个，黄河河口研究院、黄河水资源保护科学研究院、黄河水文水资源科学研究院、天水水土保持科学试验站、西峰水土保持科学试验站、绥德水土保持科学试验站。
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