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南科院是国家首批相关学科博士、硕士学位授予权单位，现设有水利工程一级学科博士点，以及岩土工程学科博士点和环境工程等9个学科硕士点，并设有水利工程博士后流动站。
南科院秉承“科学、规范、诚信、卓越”的科研质量方针，发扬“勤奋、南京水利科学研究院，http://www.nhri.cn，严谨、求实、创新”的科研精神，组织开展重大科学技术问题研究，取得了一大批重要研究成果，为我国的水利、交通、能源的建设和管理培养了大批人才，解决了国家工程建设中的一系列重大关键技术问题，为国家经济社会发展作出了重要贡献。1978年全国科技大会至2009年，提出科研成果报告7100余篇，在国内外公开发表论文5400余篇，南京水利科学研究院出版专著314部，获国家发明和实用新型专利53项，国家和省部级科技进步奖447项，其中国家级奖励76项。2000年通过ISO9001质量体系认证。目前拥有水利工程、水电、港口河海工程、水文地质、岩土工程咨询甲级资质；水文、水资源调查评价甲级资质；规划环境评价资质；水运行业、工程勘察、水利行业、建筑行业等勘察设计资质；水利工程、水运工程、公路工程甲级监理资质；以及地基与基础工程、防腐保温工程专业承包资质。
历经70多年的发展，经过几代人的共同努力，面向国际水利科学发展前沿，围绕国家经济社会发展需求，南科院已发展成为拥有30多个具有一定特色和优势的专业研究方向、在国内外具有重要影响的综合型水利科研院所。现设有水文水资源、水工水力学、河流海岸、岩土工程、南京水利科学研究院，http://www.nhri.cn，材料结构、大坝安全与管理、农村电气化、水利水文自动化等8个研究所和水利信息技术研究中心，并设有南科院勘测设计院、江苏南水土建工程公司、南京瑞迪高新技术公司、江苏科兴工程建设监理有限公司、江苏运达科工贸公司等研究开发机构。建设有水文水资源与水利工程科学国家重点实验室、水利部水科学与水工程重点实验室、港口航道泥沙工程交通行业重点实验室、通航建筑物建设技术交通行业重点实验室、水利部水文水资源工程技术研究中心、水利部水工新材料工程技术研究中心、水利部水文水资源监控工程技术研究中心等科技创新平台。
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