全市气象部门现有编制105人，其中机关公务员编制34人，事业编制67人，地方编制4人;至2015年1月，有职工167人，在编人员99人，其中博士5人，硕士33人，学士28人;高级职称26人，中级职称41人，初级职称17人。
全市设有4个区气象局：同安区气象局、翔安区气象局、海沧区气象局、集美区气象局;
市气象局机关设5个内设机构：办公室、业务科技处、计划财务处、人事处、政策法规处;设有4个直属单位：厦门市气象台(厦门市海洋气象台)、厦门市气象服务中心、厦门市防雷中心(厦门市避雷监测技术中心)、厦门市气象局机关服务中心;2008年4月市政府批复成立厦门市气候变化监测评估中心，挂靠厦门市气象服务中心。此外，厦门市气象台设有2个二级机构：气象探测技术与保障中心、气象信息网络中心;机关服务中心设有1个二级机构：财务与核算中心;气象服务中心设有1个二级机构：气象宣传与科普中心。2014年经中国气象局同意始建海峡气象开放实验室。
1952年福建省厦门市气象台在鼓浪屿创建，1989年1月成立福建省厦门市气象局，隶属福建省气象局管理。1990年10月3日厦门市气象局实行计划单列，计划财务方面工作隶属国家气象局管理;2000年11月11日起，厦门市气象局隶属中国气象局(国家气象局)管理，实行中国气象局与厦门市政府双重领导、以中国气象局领导为主的管理体制。赋予省级气象管理机构的有关职责。机构规格为副厅级。2008年3月中国气象局党组对厦门市局干部管理有关问题又做出进一步明确，正处级干部管理权归省局管理。
