北京友谊医院医院设有北京市临床医学研究所，北京热带医学研究所，北京市中西医结合研究所和北京市卫生局泌尿外科研究所，拥有一批学科带头人和技术骨干。胃肠肝胆胰疾病诊治，泌尿系统疾病诊治和肾移植，热带病和寄生虫病诊治以及中西医结合是医院的四大专业特色。内科学（消化系病），影像与核医学2个学科是国家重点（培育）学科，消化内科，临床护理，热带医学获批国家临床重点专科。医院还被确定为北京市消化内镜质量控制和改进中心，北京市护理质量控制和改进中心，北京市重症医学质量控制和改进中心以及北京市麻醉质量控制和改进中心。在保持综合优势的基础上，突出特色，打造优势学科群。率先成立了北京市卫生系统的跨学科，跨专业的疑难病综合会诊中心，发挥强强联合优势，成立了以消化内科，普外科，肝病中心为龙头的北京市消化疾病中心，在诊治消化急危疑难重症方面处于国内领先水平，成立了以心血管内，外科合并模式的心血管疾病诊治研究中心，开辟了挽救急性心肌梗塞患者生命的绿色通道北京友谊医院首页网站,首页,，www.bfh.com.cn。
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