2003年，被福建省人民政府确定为重点建设高校台江2个校区，占地1300余亩，校舍建筑面积近40万平方米福建省党建和思想政治工作先进高校，省文明学校，省...省...省计划生育先进单位，省卫生先进单位，省绿化模范单位和省级花园式单位等荣誉称号公共卫生学院，医学技术与工程学院，药学院，护理学院，人文学院，外国语学院，协和临床医学院，第一临床医学院，第二临床医学院，口腔医学院，省立临床医学院，福总临床医学院，思想政治理论课教学研究部和体育教学研究部，研究生教育学院，海外教育学院，成人教育学院，继续教育学院，职业技术学院等20个学院（部）；有临床医学（七年制），临床医学（五年制），口腔医学，医学检验，麻醉学，医学影像学，康复治疗学，预防医学，护理学，药学，药物制剂，应用心理学，英语，社会工作，公共事业管理等24个本科专业（方向）；有基础医学和临床医学2个一级学科博士点，二级学科博士点27个，一级学科硕士点8个，二级学科硕士点54个，硕士专业学位授权点5个其中全日制的本科生12000多人，博士研究生230多人，硕士研究生2200多人，本科专业面向全国招生，并招收港澳台侨生和外国留学生学校已形成了多学科，多层次的成人医学教育办学体系其中校本部912人具有研究生学位占64.58 %，高级职称占71.01%硕士生导师524名国家有突出贡献中青年专家4人，...教育部新世纪优秀人才支持计划1人，卫生部有突出贡献中青年专家5人，教育部优秀青年教师资助3人，教育部骨干教师资助8人，享受国务院特殊津贴专家105人，福建省优秀专家23人，...福建省高校教学名师13人，福建省高校新世纪优秀人才支持计划人选33人，福建省高校创新团队2个附属第一医院，附属第二医院，附属口腔医院4所附属医院，附属第三医院正在建设中，同时在福建省设有省立临床医学院（省立医院），福总临床医学院（南京军区福州总医院），附属漳州市医院，附属泉州第一医院，附属三明第一医院，附属龙岩第一医院，附属传染病医院，附属闽东医院，附属南平第一医院等非直属附属医院(含临床医学院)9所有临床教学医院29所，形成了比较完善的临床教学与实践教学基地网络，有效保障了临床实践教学的需要科研机构71个，国家重点培育学科1个，卫生部临床重点专科3个，省...省教育厅重点学科13个，省科技厅优先发展学科8个，教育部重点实验室1个，省重点实验室1个，省部共建重点实验室2个，省教育厅重点实验室5个，承担着大量的科研任务，成果显著《福建医科大学学报（社科版）》，《中华高血压杂志》和《心血管康复医学杂志》等，面向国内外公开发行图书，资料200多万册，是福建省医学图书中心馆。
