1998年，2003年分别与海沧医院，集美医院合并，总部迁至集美，在厦门市六个行政区域中占据2个行政区域，是厦门岛外最大的惟一市属三级综合医院建筑面积6.66万平方米，其中集美总院一期占地约30000平方米，按现代理念设计施工的，功能齐全，布局合理，拥有一流的净化手术室，先进的高压灭菌供应室，并以色彩医院著称，体现人性关怀特点；集美总院二期病房于2004年立项，2005年开工建设，2007年竣工，占地面积约36000平方米，增加床位250张医院科室设置齐全，临床科室39个，医技科室15个其中：专业技术人员占职工总数的84.7%；卫生技术人员专业技术人员总数的95.2%，医学博士，硕士占卫技人员总数的11.4%，其中有多名来自英，美，德，韩等海归博士及博士后出院病人数32176人次，住院手术例数为8563例，门诊手术15915例，病床使用率92.57％，业务收入4.25亿始终坚持贯彻名医，名科，名院的...泌尿系结石诊治，妇科腔镜）在闽西南地区拥有较高知名度泌尿肾脏病诊治，心脑血管病诊治，ICU重症监护，影像诊断，创伤救治，中毒救治，多学科微创诊疗技术应用（腔镜技术）等作为医院重点发展和扶持的科室和专业，并保持技术优势四排全身螺旋CT机各 1 台，GE1.5TMR，DR，数字X线摄影系统；数字化乳腺X光机；TCD；原装进口彩超 6 台；彩色多普勒超生仪；瑞典金宝系列血液透析机 15 台，连续肾替代一体机，中央水处理系统；全自动生化分析仪，全自动发光免疫分析仪；双频双脉冲激光碎石系统；荧光电子支气管镜；人工心肺机；麻醉手术室中央监护系统；ICU中央监护系统；透射电子显微镜；一体化腔镜手术室（全省惟一），以及妇科，泌尿外科，神经外科，胸外科，骨科各专科系列的全套进口腔镜微创手术设备等福建医科大学，福建中医学院，厦门大学医学院，莆田学院的教学医院 获得立项7项，其中省级1项，市厅级5项，区级1项获奖1项；申报厦门市科技进步奖5项，获奖1项；申报福建省护理科学技术奖1项，获奖1项。
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