2000年，由工业区移交政府，归南山区教育局直接管理初中部从学校分出，育才中学成为一所公办独立高中蛇口育才教育集团成立，育才中学成为集团内部七所中小学里唯一的高中，以育才教育集团为依托，进入了一个快速良性的发展阶段建筑面积为20072㎡学生近1200人，近三分之一为住校生，其余为走读生；教职员工140余人继任者为乔树德，王庭尧，曹衍清先生，现任校长刘根平先生是教育学硕士，在读博士，南山区教育局调研员，育才教育集团总校校长反对片面追求升学率，建立了新型的人才教育模式；在管理上提出了...促进和谐发展的发展新思路，把...人的发展的更高目标，它包括了学校管理中刚性与柔性，强制与自主的和谐；人际关系的和谐；师生个体发展中心理与生理，品德与学识，人文素养与科学精神，当前成绩与可持续发展等方面的和谐，等等即所培养的学生...在单位是个好员工，在社会上是个好公民但求人人走向成功就是致力于促进学生健康可持续的发展，促进学生多元而有个性的发展，促进学生全面和谐的发展在构建和谐校园的基础上，全校师生精诚团结，为把学校建设成为首批广东省国家级示范性高中而努力奋斗与特区共同成长的历史，孕育了品位高雅的校园文化校园活动丰富多彩，学生社团蓬勃发展，打造了......春韵网站被评为全国优秀特色网站；英语剧社参加深圳市...实施...开出100多门拓展课，以...英语特长班等实验，使教师能够根据学生实际进行分层教学，根据学生的兴趣特长加以重点培养外语，青春读书课，心理健康教育，游泳，排球等均是育才的优势特色课程高进优出的骄人业绩，2004年至2007年高考的各项指标在本地区居于优势地位特长显著的优秀学生，少年科学院小院士陈卓，《花季雨季》作者郁秀和《亲吻阳光》作者绛雪便是其中的代表有的在清华，北大等国内名校读书；有的远渡重洋，在牛津，剑桥，哈佛等著名学府求学育才占据了领先优势，承担了两个省级课题的研究并取得了有重要参考价值的阶段性成果，被确定为课改实验样本校，自实验工作开展以来，接待了近百批省内外同行参观考察，各项工作走在了实验区学校前列对学校的工作给与了充分的肯定育才中学的经验介绍引起了与会代表和专家的极大关注，并得到了充分的肯定，在全国范围内起到了一定的示范引领作用育才中学全面推进素质教育，努力创建特色学校，创造了辉煌的业绩，为特区教育发展做出了较大的贡献被市区教育督导部门评估为办学条件与办学水平双优学校，成为深圳市仅有的三个市重点学校之一成为深圳市最早的省一级学校之一获得深圳市颁发的办学效益奖被评为深圳市优秀学校成为深圳教育的一个知名品牌学校以高分顺利通过广东省国家级示范性普通高级中学的初期督导验收。
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