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舟山出入境检验检疫局将坚持以一流的精神状态、一流的服务水准、一流的工作业绩和一流的职工队伍，依法行政，严把国门，深化检验检疫模式改革，创新 “科技兴检 ”手段，强化质量安全，创新体制机制，舟山出入境检验检疫局，http://www.zsciq.gov.cn，在维护国家经济利益、保证工农业生产安全、保护消费者权益方面发挥越来越重要的作用，为舟山群岛新区建设和经济社会的和谐发展作出新的贡献。
2011年共检验检疫出入境货物货值234亿美元（占全省系统25%，同比增长35%），其中检验进口原油2500万吨、矿砂560万吨、煤炭500万吨、粮食300万吨；检验出口水产品20万吨；检疫查验出入境船舶近3000艘次，查验入境集装箱近3万标箱，截获有害生物5000多批次；出入境人员体检突破1.5万人次。
舟山出入境检验检疫局自1999年11月19日成立以来，各项工作取得了显著成效。目前，舟山出入境检验检疫局检验检疫货值量较 “三检合一 ”时增长近10倍，位列全省系统分支局前列。共有干部职工近300名，全局现设有11个行政处室、3个事业单位，下辖2个副处级办事处和2个正科级现场办。
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