自1990年澳门以联系会员的身份参加联合国国际海事组织以来，港务局都是作为澳门政府的代表机关派员出席有关会议及年会。1999年在海事安全及防治海上污染的国际海事公约逐步延伸到澳门生效后，港务局更获政府授权作为有关国际海事公约的对外及对内事务的负责单位，亦即是船旗国实施的专责部门
1995年曾通过有关训令和法令，对港务局进行改组，使到其权限及与其他单位和机关的工作关系得到理顺，工作效率从而得以提高，而架构更趋合理化，追上现代海上事务职权机关的客观需要。1999年底出台的海事活动规章更进一步说明港务局的权限，工作范围，使得在维护海上安全和防治海上污染方面的法理依据得到加强
