1998年，水监体制改革，中华人民共和国海事局（交通部海事局）成立。中央机构编制委员会办公室明确交通部海事局的职责之一是 “管理海区港口航道测绘并组织编印航海图书资料，归口管理交通行业测绘工作 ”。自此，海事测绘机构和职能得到明确，管辖范围覆盖我国沿海海域、港口和对外开放水域，海道测绘网，http://www.hydro.gov.cn，统一了布局、政令、监督管理，海事测绘事业的也迎来了大力发展的十年。2003年，中国海事电子海图数据中心在上海成立，标志着海事测绘进入数字化时代。
建国后，沿海港口航道测量起初由中国人民解放军海军司令部海道测量部独力承担，但随着国民经济的发展，港口扩建日益增多，当时的海道测绘体制和效率已远远不能满足港航运输与港口建设的迫切需要。1955年5月，为了适应新中国水运建设快速发展的形势，海道测绘网满足船舶进出港对航海图书的需要，交通部在广州成立了我国第一支海港测绘队伍，直接隶属于当时的交通部海运总局，其主要职责就是开展沿海港口航道测量、编绘航海图书，保障航行安全。海港测量队成立的当年就完成从广州市到珠江口150公里航道10余幅航行图的测绘任务，谱写了中国海事测绘的开篇之作。在随后的岁月里，随着沿海经济发展和大规模港口建设，海港测量队利用各种测量手段，相继完成了数十个沿海港口和重要水道的第一次全面测量任务，填补了我国沿海港口航道图的空白。
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