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到2005年底，湖南省国税局下辖14个市州局，湖南税务高等专科学校（长沙税务培训中心），133个县（市）区局，213个税务分局。
2004年12月，根据总局关于进一步规范国家税务局系统机构设置明确职责分工的意见，以及总局对湖南省国税局进一步规范机构设置明确职责分工方案的批复精神，省局机关内设行政处室12个：办公室、政策法规处、湖南省国家税务局，http://hhgtax.gov.cn，流转税管理处、所得税管理处、征收管理处、财务管理处、计划统计处、进出口税收管理处、国际税务管理处、人事处、教育处、监察室；另设机关党委办公室、离退休干部管理办公室。直属机构1个：稽查局。事业单位5个：机关服务中心、湖南省国家税务局信息中心、税收科学研究所、培训中心、注册税务师管理中心。同时，对各级国税局机构进行了调整和统一规范。全系统县市区局132个，市局直属税务分局2个；全省税务所由原来的425个撤并为现在的181个税务分局、32个税务所，收缩面达50%。
1997年9月，省局根据总局关于税务机构的调整意见，省局对机关内设机构进行了精简，省局机关行政处室、直属机构、事业单位由原来的23个精简为17个。其中行政处室9个：办公室、政策法规处、流转税管理处、所得税管理处、征收管理处、计划财务处、人事教育处、思想__工作处、监察审计室。直属分局3个：稽查局、涉外税收管理分局、湖南省国家税务局，http://hhgtax.gov.cn，进出口税收管理分局。事业单位5个：信息中心、机关服务中心、税收科学研究所、湖南税务报社、湖南大信会计师事务所。同时，规范了市州、县市分局的内设机构；并对年税收在100万元以下的农村征收分局原则上予以撤并，撤销各县市城关、城郊征收分局，县市局直接征收，通过调整，全省征收分局撤并为459个，税务所122个。
1995年3月，省局根据总局对《湖南省国家税务局职能配置、内设机构和人员编制实施方案》的批复精神，按照 “精简、统一、湖南省国家税务局；效能 ”的原则，开展 “三定 ”工作。设立处室23个，其中行政处室12个：办公室、政策法规处、税政管理一处、税政管理二处、税政管理三处、征收管理处、计划财务处、票证管理处、人事处、离退休人员管理处、宣传教育处、监察审计室。处级直属（分）局3个：涉外税务分局、进出口税收管理分局、税务稽查局。处级直属事业单位5个：信息中心、服务中心、税收科学研究所、税务报刊社、正大税务师事务所。党群单位3个：纪律检查组、机关党委、工会。为提高机关效能，便于统一管理，湖南省国家税务局，http://hhgtax.gov.cn！省局将5个单位分别与有关处室合署办公，实行一套班子，两块牌子，统一管理。即：科研所与办公室、票证管理处与征收管理处、离退休人员管理处与人事处、纪检组与监察室、工会与机关党委合署办公。
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