1954 年 10 月兵团正式组建并成立军法处，在下属 10 个师级单位设立军法处，行使刑事审判权隶属新疆军区军事法院领导，依法审理刑事及部分民事案件，并担负改造，教育在押罪犯的任务兵团各级军事法院相应并入自治区高级人民法院及地，州，市所在地中级人民法院兵团公，检，法，司及监狱管理等机构恢复建立行使普通法院的审判权，死刑案件由自治区高级人民法院复核并就其机构设置，监督关系，人事任免，案件管辖等问题作了原则性规定兵团各级法院改五角星印章而启用国徽印章其中，作为自治区高级人民法院的派出机构兵团分院设在乌鲁木齐市，在全区 10 个地州市所在地的农业师设有 10 个中级人民法院，农十三师（原哈密农场管理局）和农牧团场相对集中的垦区，设有 25 个基层人民法院，并派出 30 个人民法庭辖区内标的 1000 万元以上的一审案件，其判决和裁定为自治区高级人民法院一级的判决和裁定；师中级人民法院行使地州一级中级法院的审判权限；垦区人民法院行使县级基层法院审判权限指导，同时监督指导所属中院，基层院的审判工作，党政工作接受兵团党委的领导随着法律地位的确立和各方面关系的进一步理顺正在逐步加强 审判职能充分发挥，全系统每年受理各类案件 3 万多件依法调整民事关系，定止纷争，维护和保障了国家安全和社会政治稳定，经济有序进行，为我党屯垦戍边事业的发展提供了有力的司法保障审监和审执...公开审判制度和普通刑事案件简化审，民事诉讼简易程序，审判流程管理制度，民商事审判体系，执行工作统一管理和协调体制以及干部人事制度改革开展 便民，助民和亲民活动开辟了兵团法院法官培训基地， 全系统现有法官中 本科以上学历人员占法官总数的 45 ％左右 2004 年农十师北屯垦区人民法院及其院长曹忠华步入全国模范法院，全国模范法官行列自治区以及兵团政法单位先进集体 82 个，先进个人 186 人地，县级文明单位的法院总数达到 32 个，占 88.89% 。
