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负责监督检查局机关、直属各单位党组织、党员领导干部及其工作人员贯彻执行党的路线、方针、政策及国家和地方法律、法规、政策、决定、命令的情况;负责检查局机关、直属各单位党员干部的违纪案件及全市环保系统复杂的违纪案件；调查处理局机关、直属各单位工作人员违反国家法律、驻马店市环境保护局官网法规和违反政纪的行为;协助局党组、纪检组长抓好局机关、直属各单位及全市环保系统的党风廉政建设、软环境建设工作和行风建设；抓好有关制度建设。建立责任追究制度，监督检查局机关、直属各单位及环保系统的党风廉政建设责任制执行情况;负责受理对局机关、直属各单位及环保系统的单位或个人违犯党纪、政纪问题的揭发、驻马店市环境保护局▲检举、控告；受理检查和监察对象不服纪律处分的申诉；维护党员和监察对象的民主权利、合法权益，保障党员和监察对象依法行使职权;负责局机关、直属各单位党的纪律检查工作和行政监察工作；负责指导全市环保系统的纪检监察工作;负责研究制定环保系统从源头上预防和治理腐败的有效措施。
负责调度COD和二氧化硫总量分解落实情况，建立重点污染源排放量台帐，完成省政府下达的污染减排任务；考核各县区总量控制目标责任书的落实情况及COD和二氧化硫削减量，检查与总量削减有关的重点治理项目建设进度和运行情况；研究提出有关总量控制对策措施；承办污染物减排领导小组交办的其他工作任务。
组织制订环境保护意见和规范性文件，指导、协调全市环境保护法制建设；组织开展环境保护执法检查；组织环境保护行政处罚；承办行政复议、应诉及赔偿工作；参与重大环境违法案件的调查处理。
拟订全市环境保护中长期规划和年度计划；参与制订全市经济和社会发展中长期规划；负责编制环境保护科技发展规划和计划；审核城市总体规划中的环境保护内容；组织编制全市环境状况公报、环境统计年报；组织发布全市环境质量状况；拟订全市生态保护规划并监督实施；监督全市自然保护区和生态旅游发展工作，负责组织对风景旅游、名胜区等发展规划的环境影响评价和提出审批建议；指导全市生态示范建设和生态农业建设；负责对生态环境违法案件的调查处理；负责全市环境保护系统对外经济合作和交流工作。
组织实施排污申报登记、驻马店市环境保护局官网，排污许可证、污染源限期治理和达标排放，城市环境综合整治、危险废物、有毒化学品等环境管理制度；组织编制和监督实施全市污染物排放总量控制计划和环境功能区划；负责县、区跨行政区域环境污染纠纷的协调和重大污染事故的调查处理。管理环境保护科技成果；管理全市环境管理体系和环境标志产品认证；组织实施环境保护资质认可制度；负责污染防治工程设计、施工单位资格审查认证工作。
负责市管开发建设项目的环境监督管理工作，指导、协调全市建设项目的环境管理工作；负责环境影响评价机构的资格认证审查及考核工作；负责对市管建设项目环境违法案件的调查并提出处理意见。
综合协调机关日常工作，贯彻执行机关各项规章制度；负责文秘、保密、档案、保卫、机关财务、计划生育、行政后勤、信访和公众举报工作；承办环境保护目标考核及表彰工作。承担市环境保护委员会办公室的日常工作。负责机关及所属单位的人事、机构编制管理、驻马店市环境保护局▲，劳资和离退休人员工作；协助对县、区环境保护部门领导干部进行管理；组织开展全市环境保护系统岗位培训工作；组织实施全市环境保护宣传教育工作，推动公众和非政府组织参与环境保护。
驻马店市环境保护局官网，教育，政府组织，地方政府网站。
环境保护局机关内设四科三室, 其职责分别是:
