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实行校院二级管理体制，现设有商船学院、交通运输学院、经济管理学院、物流工程学院、信息工程学院、外国语学院、海洋环境与工程学院、法学院、中荷机电工程学院、文理学院、上海海事大学官网徐悲鸿艺术学院、科学研究院、海洋材料科学与工程研究院等二级办学部门。在20000余名全日制学生中，有本科生16200余人，各类在校研究生2600余人。在1000余名专任教师中，有教授135名，具有博士学位的教师比例约45%。上海海事大学▲学校致力于培养国家航运业所需要的各级各类专门人才，已向全国港航企事业单位及政府部门输送了6万余名毕业生，被誉为 “高级航运人才的摇篮 ”。
学校设有2个博士后科研流动站（交通运输工程、电气工程），2个一级学科博士点（交通运输工程、管理科学工程），9个二级学科博士点，12个一级学科硕士学位授权点，44个二级学科硕士学位授权点，6个专业硕士点（包括工商管理硕士MBA、高级管理人员工商管理硕士EMBA、法律硕士、翻译硕士、工程管理硕士、上海海事大学官网，工程硕士），45个本科专业，12个高职专业。拥有集装箱供应链技术教育部工程研究中心、航运__技术教育部工程研究中心、航运技术与控制工程交通行业重点实验室、教育部科技查新工作站、上海市高校知识服务平台高级战略研究中心 mdash; mdash;上海国际航运研究中心、上海市普通高校人文社会科学重点研究基地 mdash; mdash;上海海事大学海商法研究中心、上海航运物流信息工程技术研究中心、上海市社会科学创新研究基地（上海航运中心建设研究方向）等省部级重点研究基地。现有1个国家重点（培育）学科（交通运输规划与管理），5个国家级特色专业（航海技术、物流管理、机械设计制造及其自动化、轮机工程、航运管理），9个部市级重点学科，17个上海市本科教育高地。设有水上训练中心，拥有万吨级集装箱教学实习船 “育锋 ”轮，上海海事大学▲，新建4.8万吨级扬子最大型散货教学实习船计划2012年底投入使用。
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上海海事大学是一所以航运技术、经济与管理为特色，具有工学、管理学、经济学、法学、文学和理学等学科门类的多科性大学。
