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市防指下设办公室（简称市防指办），为指挥部日常办事机构。办公室设主任一名，副主任分别由市府办农业处、市财政局农财处、市防汛抢险支队、市水管站、市水文站负责人兼任。
市防指成员由金华军分区、市水利局、市委宣传部、市监察局、金华防汛网官网市气象局、市发__、市经委、市教育局、市公安局、市民政局、市财政局、市国土资源局、市建设局、金华防汛网▲市规划局、市交通局、市农业局、市卫生局、市行政执法局、市安全监管局、市旅游局、市供销社、金华电业局、金华开发区管委会、武警金华市支队、金华日报社、市广电总台、电信金华分公司、金华防汛网官网，移动金华分公司等单位和部门负责人组成。
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1949年建国前，政府没有专设的防汛防旱机构。建国后，1951年6月始建金华专区防汛抗旱指挥部（后改防汛防旱指挥部）；所属各县也均建立防汛抗旱指挥部，由县委或政府负责人兼任指挥，有关部门负责人为指挥部成员。1955年后，机构、人员虽历经变动，但防汛防旱指挥部则始终保留。防汛防旱指挥部下设办公室，为防汛防旱指挥部常设工作机构。进入90年代，防汛防旱工作逐渐规范化、制度化。建立防汛工作各级政府行政首长负责制，各有关单位实行防汛岗位责任制。1998年《防洪法》颁布，明确了 “防汛抗洪实行各级人民政府行政首长负责制，统一指挥，分级分部门负责 ”。从法律的高度规范完善了防汛工作。
