民国54年春间，本校创办人吴正镛先生，戴行悌先生与程杰慷先生等人鉴于台湾四面环海，未来海上运输之发展及海洋资源之开发，于经济结构中居极重要之地位，乃倡议创设「中国海事专科学校」，选定台北市士林区中洲里淡水河及基隆河交汇处为校址，筹集资金收购土地，兴建校舍本校依法成立董事会，公推吴正镛先生为董事长，聘请戴行悌先生为首任校长，同年3月18日奉教育部核准立案，于56年由董事会根据捐助章程正式登记为财团法人轮机，船务等3科，随即办理招生，于3月28日正式开学55年8月增设渔捞科，56年8月又增设水产制造科60年8月，船务科停止招生，另设航运管理及电子通讯二科，同年开办二年制夜间部，设航海，轮机两科68年8月日间部渔捞科改名为渔业科，夜间航海科调整为航运管理科80年8月电子通讯科改名为电讯工程科82年8月水产制造科改名为水产食品工业科87年8月校名改为中国海事商业专科学校，增设国际贸易科；水产食品工业科改为食品科学科，电讯工程科改为电脑与通讯工程科89年8月停止五专部招生，改为仅招收二专部学生，同时渔业科改为海洋休闲观光科92年8月增设餐旅管理科，物流管理科，资讯工程科93年8月航运管理科改名为航运企业管理科94年8月设立附设专科进修学校95年8月，餐旅管理科改名为餐饮管理科96年8月1日改制为台北海洋技术学院海洋休闲观光系，食品科学系，航运企业管理系，国际贸易系，电脑与通讯工程系等6个系及通识教育中心；另设专科部，航海科，餐饮管理科，物流管理科，资讯工程科等4个科97年8月，航海科，餐饮管理科改设系，物流管理科转型为旅运经营管理系，资讯工程科转型为多媒体与游戏发展科学系；另增设海洋运动休闲系97学年度(97年12月)淡水校区正式启用，国际贸易系，航运企业管理系，旅运经营管理系，电讯及通讯工程系，多媒体与游戏发展科学系先行进驻98年11月教育部核定自99学年度起国贸系更名为经 营管理系，食品科学系更名为食品科技与行销系。
