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南京市交通运输局机关现有办公室、组织人事处、政策法规处、综合规划处、财务处、安全科技处、货运发展处(铁路航空产业办公室)、港航发展处、公共交通处等9个内设机构,南京市交通运输局,http://www.njjt.gov.cn,还包括纪委(监察室、审计处)、市国防动员委员会交通战备办公室、机关党委、离退休干部处、交通运输工会等部门;下属南京市公路管理处、南京市公路建设处、南京市公路运输管理处、南京市汽车维修行业管理处(南京市汽车驾驶员培训管理处)、南京市航道管理处、南京市地方海事局(南京市船舶检验局)、南京市航运管理处、南京市板桥汽渡管理处、南京市交通运输局南京市交通工程质量监督站、南京市交通行业与产业项目招标投标管理办公室、南京市交通规费征收处、南京市交通信息中心、南京市客运管理处等12个行业管理部门;下属一所高级技工学校――南京市交通高级技工学校(南京交通技师学院)。
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