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针灸研究所设有行政处室五个:所长办公室、党委办公室、人事处、科教处、财务处。针灸研究所创新体系部分有设有针灸基础理论研究室、针灸机能研究室、针灸形态研究室、针灸生化及分子生物学研究室和医学工程研究室;另设针灸标准和评价中心、中国中医科学院针灸研究所,http://www.acuworld.net,经络研究中心。针灸研究所下设中国中医科学院针灸医院和中国北京国际针灸培训中心。
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