连江县食品药品监督管理局，主要职能在福州市食品药品监督管理局的领导下，负责本行政区域内及马尾区亭江镇的食品药品监督管理工作（一）贯彻实施药品监督管理法律法规和国家药品法定标准， （二）负责辖区内申报《药品经营许可证》，《医疗制剂许可证》，《医疗器械经营许可证》的初审把关和推荐报备，强化换发证后的日常监督管理，指导县（市）药品检验机构的业务工作，连江县药品监督管理局于2001年11月27日挂牌成立。2006年8月27日根据闽委编办[2006]91号文件精神，在连江县药品监督管理局的基础上组建连江县食品药品监督管理局，仍实行省以下垂直管理，同时明确食品安全由地方各级政府负总责。县食品药品监督管理局下设四科一所，分别为综合科，药品监管科，稽查科，食品安全监管科和药品检验所，核定编制21人，其中，局机关10人，药检所11人，目前在编在岗人员15人，其中局机关9人，药检所6人。
