新建成的站房外型采用法国AREP公司的设计方案，内部功能采用铁道第四勘察设计院的设计方案，充分体现了标志性、功能性、系统性、先进性和文化性的有机结合。车站站房采用桅杆斜拉索悬挂结构，用18根桅杆支撑起横向钢梁，象一艘竖起桅杆、南京火车站，http://www.njstation.com，拉满风帆的巨型帆船停泊在美丽的玄武湖畔，既具有江南文化特色，又融合现代化气息。
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