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市环保局共有20个直属事业单位，其中具有行政职能依照公务员管理的有2个，专业技术支持部门13个，污水处理单位5个。具有行政职能依照公务员管理的事业单位有市环境监理大队（市环境监理处）和开发区环境管理处（外资企业环境管理处）。专业技术支持部门有沈阳环境科学研究院、沈阳市环境监测中心站、沈阳市环境保护科技情报宣教中心、沈阳市环境信息中心、沈阳市环保局，http://www.syepb.gov.cn，沈阳市环境保护外资引进办公室、沈阳市环境保护培训中心、沈阳市机动车尾气检测防治中心、沈阳市工业固体废物处置中心、沈阳市环境保护投资公司、沈阳市环保工程设计研究院、沈阳市环境保护局机关服务中心、沈阳市环境保护局会计核算中心、沈阳市环境监控与投诉中心。污水处理单位有仙女河污水处理中心、沈水湾污水处理中心、五里河污水处理中心、满堂河污水处理中心（人工湿地生态工程技术中心）和北部污水处理厂。
近年来在市委、沈阳市环保局市政府对环境保护工作的高度重视和大力扶持下，全市环保系统在人力资源和能力建设上都得到了长足发展，队伍编制规模和人员知识结构、年龄结构、综合素质等在全国同类城市中已经处于前列。以较高素质的人力资源和以先进技术装备为依托的参与城市发展综合决策的能力和综合执法能力得到大幅度提升，环境监控、监测、宣教、污水处理、固废处置等能力均已达到全国领先水平，为全市环境大发展奠定了坚实基础。
2001年市委、市政府实施新一轮机构改革，精简政府机构和人员编制，将环保产业办公室划入市计委。市环保局机关行政编制由60名减为54名，增加机关工勤人员事业编6名。内设机构为10个职能处室。2004年1月市环保局内设机构增为11个职能处室。
1996年沈阳市政府机构改革，强化了环保职能，加强了队伍建设。内设机构增为11个职能处室。市环保局机关行政编制增加为60名。
1983年沈阳市党政机关机构改革，市政府由原来的72个部门减为46个，将市环境保护局、市环境卫生局合并，沈阳市环保局，http://www.syepb.gov.cn，成立了市环境管理局。内设机构13个科室。人员编制87名。
教育，政府组织，地方政府网站，沈阳市环保局官网：http://www.syepb.gov.cn
