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微生物所现有在编职工487人，其中科研人员415人，包括中国科学院院士6人，发展中国家科学院院士1人。共有在学研究生421人，在站博士后61人。
2008年以来，微生物所面向工业升级、农业发展、人口健康和环境保护等方面的国家重大需求，中国科学院微生物研究所，http://www.im.cas.cn，瞄准国际微生物学前沿，积极优化学科布局，努力构建高效联动的创新价值链，形成了以微生物资源中心、科学研究体系和技术转移转化中心为单元的“转化链”式科研布局。研究所以微生物资源、微生物生物技术、病原微生物与免疫为主要研究领域，开展基础性、战略性、前瞻性研究。
1978年，按照中国科学院的方向调整和战略部署，研究所重新确立发展思路和学科布局，中国科学院微生物研究所对学科领域和研究室设置进行了调整和重组，组建了八个研究室：真菌分类研究室、细菌分类研究室、病毒研究室、微生物生态研究室、微生物代谢研究室、微生物酶学研究室、微生物遗传学研究室和微生物菌种保藏研究室，同时建立起一套相对完备的科研支撑系统，包括发酵中试厂、微生物新技术室、同位素实验室和图书情报室。此后二十年里，微生物所在基础研究、应用基础研究和应用开发研究均有长足进步，取得了一大批对经济、社会发展具有重大意义的科研成果。
微生物所是由戴芳澜先生领导的中国科学院应用真菌研究所和方心芳先生领导的中国科学院北京微生物研究室合并而成。微生物所的诞生，揭开了我国微生物学研究的新篇章。
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