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研究所设有生物学博士后流动站，有水生生物学、遗传学、环境科学和海洋生物学专业4个博士学位点，有动物学、水生生物学、遗传学、环境科学、环境工程学和水产养殖等6个硕士学位点；生物工程、中国科学院水生生物研究所，http://www.ihb.cas.cn，环境工程等2个专业工程硕士学位点；具有招收和培养港、澳、台和国外研究生资格。现有在学研究生476人、博士后38人、高访学者10人。
水生所注重发挥水生生物学科技“国家队”的作用，积极促进地方科技事业，参与地方经济建设，取得了一系列成绩。以国家淡水渔业工程技术研究中心（武汉）为依托，促进了渔业模式和环保饲料等成果转化，指导建设了一大批国家级和省级的水产原良种场。以湖北省和武汉市水环境工程技术研究中心为依托，中国科学院水生生物研究所推动了我所一批水环境治理方面的核心技术向全国辐射和转化。
目前水生所设有水生生物多样性与资源保护研究中心、淡水生态学研究中心、鱼类生物学及渔业生物技术研究中心、水环境工程研究中心、水环境与人类健康研究中心、藻类生物学及应用研究中心、公共技术研发与服务部，在华东地区设立淮安研究中心。其中，公共技术研发与服务部下设分析测试中心、国家斑马鱼资源中心和藻种库。拥有淡水生态与生物技术国家重点实验室、国家淡水渔业工程技术研究中心（武汉）、东湖湖泊生态系统开放试验站、中国科学院水生生物多样性与保护重点实验室、湖北省水体生态工程技术研究中心、武汉市水环境工程研究中心。拥有亚洲最大的淡水鱼类博物馆、白鱀豚馆。淡水生态与生物技术国家重点实验室连续三次被评为优秀，东湖生态站被纳入国家野外科学观测研究站系列。
水生所战略定位和发展目标是，面向国家在水环境保护、渔业可持续发展和微藻生物能源利用方面的重大战略需求，围绕内陆水体生命过程、生态环境保护与生物资源利用领域的基础性、战略性和前瞻性重大科技问题，中国科学院水生生物研究所，http://www.ihb.cas.cn，着力重大理论创新和核心技术突破，强化创新价值链的延伸，在水环境保护、淡水渔业和微藻生物能源领域发挥引领示范作用。
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